AL-Mailの一覧から［unclassified］の文字がつけられたメールを右クリックし、メニューから［POPFile訂正［unclassified］］を選択しようとしても[POPFileの情報が取得できません]しか表示されません。

その状態は、AL-POPFileがPOPFileと通信できていないようです。

AL-POPFileは、受信したメールのヘッダ情報から
X-POPFile-Link: と書いてある行を探して、そこからPOPFileへの接続先を探しますが、
X-POPFile-Link:は、ありますか？
有れば、どのように記述されていますか？

X-POPFile-Linkは、デフォルトで記録されるはずですが、設定変更により記録しないようにすることも可能です。POPFileの設定を見直してください。


あるいは、メニューバーから、「ツール」−「プラグインオプション」−「AL-POPFile Version0.23」を選んで、AL-POPFileのウインドウを開いて、そのウインドウで［その他］ボタンを押します。
その他設定のダイアログが表示されたら、
■POPFile URL という項目に、POPFile のUIを開いたときのURLを手入力して下さい。

X-POPFile-Linkは
http://127.0.0.1:8080/jump_to_message?view=18
と記述されていて、クリックすると｢Access Denied by Firewall｣となります。
POPFile のUIを開いたときのURL http://localhost:8080/configurationを入力したら、POPFile訂正ができるようになりました。

X-POPFile-LinkのURLと
AL-POPFileのウインドウのURLが異なっていますが、このままで良いのでしょうか。
学習機能は働くのでしょうか。

URLを合わせる必要があるのでしたら、その方法を教えてください。

X-POPFile-Link: のURLが使えなくても、特に支障はないと思います。

とりあえず動作しているの様なのですが、
AL-POPFile側のURLの設定は
http://localhost:8080/configuration ではなく
http://localhost:8080/　と書いてください。


URLを localhostへ変更するのは、やったことがないのですが、
POPFile の詳細設定にある bayes_localhostname を変更するか、

下記の記事を参考にしていただければと思います。
http://popfile.sourceforge.net/wiki/jp:howtos:suppressxplwarning

Firewallの設定を見直すという手もあるのではないでしょうか。